[python-users] Buchempfehlung (für Biologen) zum Einstieg ins Programmieren ohne Informatikhintergrund

[Daniela Knoll]

Hallo Till,

da ich selber Biologie und Bioinformatik studiert habe, glaube ich, ganz
gut einschätzen zu können, was man so braucht.

Numpy geht meiner Meinung nach schon zu weit. Es geht um ganz *einfache* Dinge wie
Dateien öffnen und schließen, Muster suchen, finden, sortieren, ausschneiden, ersetzen,
vergleichen und zusammenfassen. Also alles, was man unter dem Begriff Textmining versteht.

DNA oder Aminosäuren sind für uns Biologen nichts weiter als wild zusammengewürfelte
Buchstaben, die bestimmte Muster in sich tragen. Wenn man Muster gefunden hat, kommt sowieso R ins Spiel,
um deren Relevanz beurteilen zu können.

Hier ist ein schönes Tutorial als PDF: http://ece.uprm.edu/~bvelez/courses/ComputingBioinformatics/Python/PythonCourseBioInformatics.pdf

Alles drin, um anzufangen.
Da steht dan sowas drin, wie:

Example 5.1. Test the character of a DNA base
>>> base = "e"
>>> if base in "atgc":
...     "exact"
...
>>> if base in "atgc":
...     "exact"
... elif base in "bdhkmnrsuvwxy":
...     "ambiguous"
... else:
...     "unknown"
...
’unknown’

Das eignet sich schon mal gut, eine 1.276 lange DNA-Sequenz (base) in einem kompletten
Genom zu suchen. Dauert halt - je nach Organismus - entsprechend lange... B-)


Man kann mit einer Toolbox anfangen, wo schon viele Standardaufgaben
als Funktionen fertig sind. Hat meiner Meinung aber den Nachteil, dass andere
für uns das Denken und Sortieren abgenommen haben:
https://github.com/biopython/biopython

Für FASTA-Dateien gibt es schon ein Python-Modul:
https://pypi.python.org/pypi/pyfasta/


 
> Message: 1
> Date: Thu, 14 Jan 2016 18:23:41 +0100
> From: Till Maas <opensource at till.name>
> To: pyCologne <python-users at uni-koeln.de>
> Subject: [python-users] Buchempfehlung zum Einstieg ins Programmieren
> 	ohne Informatikhintergrund
> Message-ID: <20160114172341.GL23466 at genius.invalid>
> Content-Type: text/plain; charset=utf-8
> 
> Hallo,
> 
> meine Freundin möchte gerne den Einstieg in die Pythonprogrammierung
> wagen, um kleine Probleme bei der Datenverarbeitung in der Biologie zu
> lösen. Könnt Ihr ein Buch empfehlen? Sie hat sich selber überlegt,
> vielleicht mit einem Kinderbuch zu starten und sich schon "Python für
> Kids (mitp für Kids)" rausgesucht. Da das aber von 2009 ist und eher auf
> turtle abzielt, bin ich da nicht so sehr von überzeugt.
> 
> Viele Grüße aus Aachen
> Till
> 
> 
> ------------------------------
> 
> Message: 2
> Date: Thu, 14 Jan 2016 18:46:56 +0100
> From: Michael Reschke <reschke.michael at gmail.com>
> To: pyCologne <python-users at uni-koeln.de>
> Subject: Re: [python-users] Buchempfehlung zum Einstieg ins
> 	Programmieren	ohne Informatikhintergrund
> Message-ID:
> 	<CAD=44kN0Cp2qOmGBMVVERKAcaZag=c1sFAQZkzG7bpg4iVEBjw at mail.gmail.com>
> Content-Type: text/plain; charset="utf-8"
> 
> Schau mal hier:
> 
> http://python-verband.org/Members/reschke.michael-40gmail.com/ressourcen
> 
> Solange es nicht das Python-Buch aus dem Rheinwerk Verlag GmbH ist, kann
> man nicht viel falsch machen.
> 
> Ich habe die Grundlagen nach diesem Buch (erste Kapitel) gelernt und den
> Rest nur bei Bedarf:
> 
> Objektorientierte Programmierung mit Python 3 (German)Paperback ? January
> 1, 2010
> 
> by Michael Weigend  (Author)
> 
> Da könnte es eine Neuauflage geben. Probekapitel gibt es m. E. online.
> 
> Ich kenne, habe aber bislang kaum genutzt:
> 
> http://learnpythonthehardway.org/book/index.html
> 
> Ist möglicherweise auch ein Blick wert. Es gibt m. E. ein oder zwei
> einschlägige Einführungen zu Python und Bioinformatik. Solche Bücher bieten
> i. d. R. auch die Grundlagen.
> 
> 
>    - Mitchell L. Model: Bioinformatics Programming Using Python. Sebastopol
>    u. a.: O'Reilly 2010. ISBN 978-0-596-15450-9 (522 Seiten)
> 
> 
> 
> Am 14. Januar 2016 um 18:23 schrieb Till Maas <opensource at till.name>:
> >
> > Hallo,
> >
> > meine Freundin möchte gerne den Einstieg in die Pythonprogrammierung
> > wagen, um kleine Probleme bei der Datenverarbeitung in der Biologie zu
> > lösen. Könnt Ihr ein Buch empfehlen? Sie hat sich selber überlegt,
> > vielleicht mit einem Kinderbuch zu starten und sich schon "Python für
> > Kids (mitp für Kids)" rausgesucht. Da das aber von 2009 ist und eher auf
> > turtle abzielt, bin ich da nicht so sehr von überzeugt.
> >
> > Viele Grüße aus Aachen
> > Till

> Message: 3
> Date: Thu, 14 Jan 2016 19:01:49 +0100
> From: Uwe Ziegenhagen <ziegenhagen at gmail.com>
> To: pyCologne <python-users at uni-koeln.de>
> Subject: Re: [python-users] Buchempfehlung zum Einstieg ins
> 	Programmieren	ohne Informatikhintergrund
> Message-ID:
> 	<CAML7JCjnkC61bmHgqtvo6xEAHbHuBgtAJJZ=h2jHkHpLDGgcZA at mail.gmail.com>
> Content-Type: text/plain; charset="utf-8"
> 
> Hallo Till,
> 
> Ich vermute mal, sie will eigentlich gar nicht Python lernen, sondern in
> erster Linie die Datenprobleme lösen, was mit Python halt gut geht. Ich
> würde ein Buch zu SciPy/NumPy empfehlen, das auch oder insbesondere Pandas
> abdeckt. Ich persönlich arbeite erst seit ein paar Wochen damit und auch
> eher mit Finanzdaten, aber die Leichtigkeit (im Vergleich zu Excel VBA),
> mit der ich meine Daten arrangieren, filtern und mergen kann ist
> beeindruckend.
> 
> Als Buch würde ich das Buch vom Pandas-Erfinder empfehlen:
> http://www.amazon.de/Python-Data-Analysis-Wrangling-IPython/dp/1449319793/ref=sr_1_1?ie=UTF8&qid=1452794445&sr=8-1&keywords=pandas+python
> 
> udemy.com hat momentan sehr günstig Python/Pandas Kurse, die sicherlich
> auch zu empfehlen sind.
> 
> Viele Grüße aus Köln
> 
> Uwe
> 
> 
> 
> 
> 
> Am 14. Januar 2016 um 18:23 schrieb Till Maas <opensource at till.name>:
> 
> > Hallo,
> >
> > meine Freundin möchte gerne den Einstieg in die Pythonprogrammierung
> > wagen, um kleine Probleme bei der Datenverarbeitung in der Biologie zu
> > lösen. Könnt Ihr ein Buch empfehlen? Sie hat sich selber überlegt,
> > vielleicht mit einem Kinderbuch zu starten und sich schon "Python für
> > Kids (mitp für Kids)" rausgesucht. Da das aber von 2009 ist und eher auf
> > turtle abzielt, bin ich da nicht so sehr von überzeugt.
> >
> > Viele Grüße aus Aachen
> > Till

> -- 
> Dr. Uwe Ziegenhagen
> <http://www.uweziegenhagen.de>
> -------------- nächster Teil --------------
> Ein Dateianhang mit HTML-Daten wurde abgetrennt...
> URL: <http://lists.uni-koeln.de/pipermail/python-users/attachments/20160114/95a93400/attachment-0001.html>
> 
> ------------------------------
> 
> Message: 4
> Date: Thu, 14 Jan 2016 19:11:17 +0100
> From: Dirk Hünniger <dirk.hunniger at googlemail.com>
> To: pyCologne <python-users at uni-koeln.de>
> Subject: Re: [python-users] Buchempfehlung zum Einstieg ins
> 	Programmieren ohne Informatikhintergrund
> Message-ID: <5697E4C5.9030602 at googlemail.com>
> Content-Type: text/plain; charset=windows-1252; format=flowed
> 
> Hallo,
> weiß nicht genau wie die sind:
> https://en.wikibooks.org/wiki/Non-Programmer's_Tutorial_for_Python_2.6
> https://en.wikibooks.org/wiki/Non-Programmer's_Tutorial_for_Python_3
> https://de.wikibooks.org/wiki/Python_unter_Linux
> Viele Grüße Dirk
> On 14.01.2016 18:23, Till Maas wrote:
> > Hallo,
> >
> > meine Freundin möchte gerne den Einstieg in die Pythonprogrammierung
> > wagen, um kleine Probleme bei der Datenverarbeitung in der Biologie zu
> > lösen. Könnt Ihr ein Buch empfehlen? Sie hat sich selber überlegt,
> > vielleicht mit einem Kinderbuch zu starten und sich schon "Python für
> > Kids (mitp für Kids)" rausgesucht. Da das aber von 2009 ist und eher auf
> > turtle abzielt, bin ich da nicht so sehr von überzeugt.
> >
> > Viele Grüße aus Aachen
> > Till

> ------------------------------
> 
> Message: 5
> Date: Thu, 14 Jan 2016 19:55:16 +0100
> From: Jochen Tackenberg <jochen.tackenberg at koeln.de>
> To: pyCologne <python-users at uni-koeln.de>
> Subject: Re: [python-users] Buchempfehlung zum Einstieg ins
> 	Programmieren	ohne Informatikhintergrund
> Message-ID:
> 	<CANVr0YH+wF3q=fAt32s4zGKGHqjFSvjbQDKHSxCDWH_0wfJZ3g at mail.gmail.com>
> Content-Type: text/plain; charset="utf-8"
> 
> Hallo,
> 
> hier mal meine leise Meinung aus dem off.
> 
> Als online Kurs wurde mir davon berichtet, dass dieser Kurs für Kinder auch
> für Erwachsene ganz gut zu gebrauchen sei.
> https://open.hpi.de/courses/pythonjunior2014
> 
> Ich persönlich bin aber der Meinung, dass man sowas am besten praktisch
> lernt. Deine Freundin hat sicherlich doch in irgend einem Excel file mal
> was gerechnet oder eine kleine, einfache Datenauswertung gemacht (sowas wie
> "Wenn Spalte A1>B1, dann C1=1, sonst C1=0).
> Mit zwei Zeilen code zum Start, google und etwas Hilfe sollte man das
> Problem selber in Python lösen können.
> 
> Dann kann man sich ein scipy oder numpy Buch kaufen (oder weiter googlen).
> 
> 
> Grüße
> 
> Jochen
> 
> 
> 
> 
> Am 14. Januar 2016 um 18:23 schrieb Till Maas <opensource at till.name>:
> 
> > Hallo,
> >
> > meine Freundin möchte gerne den Einstieg in die Pythonprogrammierung
> > wagen, um kleine Probleme bei der Datenverarbeitung in der Biologie zu
> > lösen. Könnt Ihr ein Buch empfehlen? Sie hat sich selber überlegt,
> > vielleicht mit einem Kinderbuch zu starten und sich schon "Python für
> > Kids (mitp für Kids)" rausgesucht. Da das aber von 2009 ist und eher auf
> > turtle abzielt, bin ich da nicht so sehr von überzeugt.
> >
> > Viele Grüße aus Aachen
> > Till
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