<div dir="ltr"><div><div><div>Moin zusammen!<br><br></div>Ja denke auch, dass Numpy/Pandas erstmal overkill ist und würde mich erstmal mit einem Tutorial beschäftigen, damit mit generell mit Python klar kommt (z.B. das was Daniela vorgeschlagen hat)<br><br>und später dann z.B. dieses Buch hier reinziehen:<br><br><a href="http://www.oreilly.de/catalog/datenanalysemitpythonger/">http://www.oreilly.de/catalog/datenanalysemitpythonger/</a><br><br></div>Da aber erst einmal nur ipython, Daten Ein- und Ausgabe und Stringmanipulation und dann gucken, wieviel man letztendlich noch von numpy/pandas später braucht.<br><br></div><div>Das Buch habe ich beim Verlag für die Usergroup angefordert und werde es wahrscheinlich nächstes mal vorstellen.<br><br></div><div>Beste Grüße<br><br></div><div> Henning<br><br></div><div><div><div><br><br></div></div></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr">Daniela Knoll <<a href="mailto:daniela.knoll@gmx.de">daniela.knoll@gmx.de</a>> schrieb am Fr., 15. Jan. 2016 um 11:20 Uhr:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hallo Till,<br>
<br>
da ich selber Biologie und Bioinformatik studiert habe, glaube ich, ganz<br>
gut einschätzen zu können, was man so braucht.<br>
<br>
Numpy geht meiner Meinung nach schon zu weit. Es geht um ganz *einfache* Dinge wie<br>
Dateien öffnen und schließen, Muster suchen, finden, sortieren, ausschneiden, ersetzen,<br>
vergleichen und zusammenfassen. Also alles, was man unter dem Begriff Textmining versteht.<br>
<br>
DNA oder Aminosäuren sind für uns Biologen nichts weiter als wild zusammengewürfelte<br>
Buchstaben, die bestimmte Muster in sich tragen. Wenn man Muster gefunden hat, kommt sowieso R ins Spiel,<br>
um deren Relevanz beurteilen zu können.<br>
<br>
Hier ist ein schönes Tutorial als PDF: <a href="http://ece.uprm.edu/~bvelez/courses/ComputingBioinformatics/Python/PythonCourseBioInformatics.pdf" rel="noreferrer" target="_blank">http://ece.uprm.edu/~bvelez/courses/ComputingBioinformatics/Python/PythonCourseBioInformatics.pdf</a><br>
<br>
Alles drin, um anzufangen.<br>
Da steht dan sowas drin, wie:<br>
<br>
Example 5.1. Test the character of a DNA base<br>
>>> base = "e"<br>
>>> if base in "atgc":<br>
... "exact"<br>
...<br>
>>> if base in "atgc":<br>
... "exact"<br>
... elif base in "bdhkmnrsuvwxy":<br>
... "ambiguous"<br>
... else:<br>
... "unknown"<br>
...<br>
’unknown’<br>
<br>
Das eignet sich schon mal gut, eine 1.276 lange DNA-Sequenz (base) in einem kompletten<br>
Genom zu suchen. Dauert halt - je nach Organismus - entsprechend lange... B-)<br>
<br>
<br>
Man kann mit einer Toolbox anfangen, wo schon viele Standardaufgaben<br>
als Funktionen fertig sind. Hat meiner Meinung aber den Nachteil, dass andere<br>
für uns das Denken und Sortieren abgenommen haben:<br>
<a href="https://github.com/biopython/biopython" rel="noreferrer" target="_blank">https://github.com/biopython/biopython</a><br>
<br>
Für FASTA-Dateien gibt es schon ein Python-Modul:<br>
<a href="https://pypi.python.org/pypi/pyfasta/" rel="noreferrer" target="_blank">https://pypi.python.org/pypi/pyfasta/</a><br>
<br>
<br>
<br>
> Message: 1<br>
> Date: Thu, 14 Jan 2016 18:23:41 +0100<br>
> From: Till Maas <<a href="mailto:opensource@till.name" target="_blank">opensource@till.name</a>><br>
> To: pyCologne <<a href="mailto:python-users@uni-koeln.de" target="_blank">python-users@uni-koeln.de</a>><br>
> Subject: [python-users] Buchempfehlung zum Einstieg ins Programmieren<br>
> ohne Informatikhintergrund<br>
> Message-ID: <20160114172341.GL23466@genius.invalid><br>
> Content-Type: text/plain; charset=utf-8<br>
><br>
> Hallo,<br>
><br>
> meine Freundin möchte gerne den Einstieg in die Pythonprogrammierung<br>
> wagen, um kleine Probleme bei der Datenverarbeitung in der Biologie zu<br>
> lösen. Könnt Ihr ein Buch empfehlen? Sie hat sich selber überlegt,<br>
> vielleicht mit einem Kinderbuch zu starten und sich schon "Python für<br>
> Kids (mitp für Kids)" rausgesucht. Da das aber von 2009 ist und eher auf<br>
> turtle abzielt, bin ich da nicht so sehr von überzeugt.<br>
><br>
> Viele Grüße aus Aachen<br>
> Till<br>
><br>
><br>
> ------------------------------<br>
><br>
> Message: 2<br>
> Date: Thu, 14 Jan 2016 18:46:56 +0100<br>
> From: Michael Reschke <<a href="mailto:reschke.michael@gmail.com" target="_blank">reschke.michael@gmail.com</a>><br>
> To: pyCologne <<a href="mailto:python-users@uni-koeln.de" target="_blank">python-users@uni-koeln.de</a>><br>
> Subject: Re: [python-users] Buchempfehlung zum Einstieg ins<br>
> Programmieren ohne Informatikhintergrund<br>
> Message-ID:<br>
> <CAD=44kN0Cp2qOmGBMVVERKAcaZag=<a href="mailto:c1sFAQZkzG7bpg4iVEBjw@mail.gmail.com" target="_blank">c1sFAQZkzG7bpg4iVEBjw@mail.gmail.com</a>><br>
> Content-Type: text/plain; charset="utf-8"<br>
><br>
> Schau mal hier:<br>
><br>
> <a href="http://python-verband.org/Members/reschke.michael-40gmail.com/ressourcen" rel="noreferrer" target="_blank">http://python-verband.org/Members/reschke.michael-40gmail.com/ressourcen</a><br>
><br>
> Solange es nicht das Python-Buch aus dem Rheinwerk Verlag GmbH ist, kann<br>
> man nicht viel falsch machen.<br>
><br>
> Ich habe die Grundlagen nach diesem Buch (erste Kapitel) gelernt und den<br>
> Rest nur bei Bedarf:<br>
><br>
> Objektorientierte Programmierung mit Python 3 (German)Paperback ? January<br>
> 1, 2010<br>
><br>
> by Michael Weigend (Author)<br>
><br>
> Da könnte es eine Neuauflage geben. Probekapitel gibt es m. E. online.<br>
><br>
> Ich kenne, habe aber bislang kaum genutzt:<br>
><br>
> <a href="http://learnpythonthehardway.org/book/index.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://learnpythonthehardway.org/book/index.html</a><br>
><br>
> Ist möglicherweise auch ein Blick wert. Es gibt m. E. ein oder zwei<br>
> einschlägige Einführungen zu Python und Bioinformatik. Solche Bücher bieten<br>
> i. d. R. auch die Grundlagen.<br>
><br>
><br>
> - Mitchell L. Model: Bioinformatics Programming Using Python. Sebastopol<br>
> u. a.: O'Reilly 2010. ISBN 978-0-596-15450-9 (522 Seiten)<br>
><br>
><br>
><br>
> Am 14. Januar 2016 um 18:23 schrieb Till Maas <<a href="mailto:opensource@till.name" target="_blank">opensource@till.name</a>>:<br>
> ><br>
> > Hallo,<br>
> ><br>
> > meine Freundin möchte gerne den Einstieg in die Pythonprogrammierung<br>
> > wagen, um kleine Probleme bei der Datenverarbeitung in der Biologie zu<br>
> > lösen. Könnt Ihr ein Buch empfehlen? Sie hat sich selber überlegt,<br>
> > vielleicht mit einem Kinderbuch zu starten und sich schon "Python für<br>
> > Kids (mitp für Kids)" rausgesucht. Da das aber von 2009 ist und eher auf<br>
> > turtle abzielt, bin ich da nicht so sehr von überzeugt.<br>
> ><br>
> > Viele Grüße aus Aachen<br>
> > Till<br>
<br>
> Message: 3<br>
> Date: Thu, 14 Jan 2016 19:01:49 +0100<br>
> From: Uwe Ziegenhagen <<a href="mailto:ziegenhagen@gmail.com" target="_blank">ziegenhagen@gmail.com</a>><br>
> To: pyCologne <<a href="mailto:python-users@uni-koeln.de" target="_blank">python-users@uni-koeln.de</a>><br>
> Subject: Re: [python-users] Buchempfehlung zum Einstieg ins<br>
> Programmieren ohne Informatikhintergrund<br>
> Message-ID:<br>
> <CAML7JCjnkC61bmHgqtvo6xEAHbHuBgtAJJZ=<a href="mailto:h2jHkHpLDGgcZA@mail.gmail.com" target="_blank">h2jHkHpLDGgcZA@mail.gmail.com</a>><br>
> Content-Type: text/plain; charset="utf-8"<br>
><br>
> Hallo Till,<br>
><br>
> Ich vermute mal, sie will eigentlich gar nicht Python lernen, sondern in<br>
> erster Linie die Datenprobleme lösen, was mit Python halt gut geht. Ich<br>
> würde ein Buch zu SciPy/NumPy empfehlen, das auch oder insbesondere Pandas<br>
> abdeckt. Ich persönlich arbeite erst seit ein paar Wochen damit und auch<br>
> eher mit Finanzdaten, aber die Leichtigkeit (im Vergleich zu Excel VBA),<br>
> mit der ich meine Daten arrangieren, filtern und mergen kann ist<br>
> beeindruckend.<br>
><br>
> Als Buch würde ich das Buch vom Pandas-Erfinder empfehlen:<br>
> <a href="http://www.amazon.de/Python-Data-Analysis-Wrangling-IPython/dp/1449319793/ref=sr_1_1?ie=UTF8&qid=1452794445&sr=8-1&keywords=pandas+python" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.amazon.de/Python-Data-Analysis-Wrangling-IPython/dp/1449319793/ref=sr_1_1?ie=UTF8&qid=1452794445&sr=8-1&keywords=pandas+python</a><br>
><br>
> <a href="http://udemy.com" rel="noreferrer" target="_blank">udemy.com</a> hat momentan sehr günstig Python/Pandas Kurse, die sicherlich<br>
> auch zu empfehlen sind.<br>
><br>
> Viele Grüße aus Köln<br>
><br>
> Uwe<br>
><br>
><br>
><br>
><br>
><br>
> Am 14. Januar 2016 um 18:23 schrieb Till Maas <<a href="mailto:opensource@till.name" target="_blank">opensource@till.name</a>>:<br>
><br>
> > Hallo,<br>
> ><br>
> > meine Freundin möchte gerne den Einstieg in die Pythonprogrammierung<br>
> > wagen, um kleine Probleme bei der Datenverarbeitung in der Biologie zu<br>
> > lösen. Könnt Ihr ein Buch empfehlen? Sie hat sich selber überlegt,<br>
> > vielleicht mit einem Kinderbuch zu starten und sich schon "Python für<br>
> > Kids (mitp für Kids)" rausgesucht. Da das aber von 2009 ist und eher auf<br>
> > turtle abzielt, bin ich da nicht so sehr von überzeugt.<br>
> ><br>
> > Viele Grüße aus Aachen<br>
> > Till<br>
<br>
> --<br>
> Dr. Uwe Ziegenhagen<br>
> <<a href="http://www.uweziegenhagen.de" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.uweziegenhagen.de</a>><br>
> -------------- nächster Teil --------------<br>
> Ein Dateianhang mit HTML-Daten wurde abgetrennt...<br>
> URL: <<a href="http://lists.uni-koeln.de/pipermail/python-users/attachments/20160114/95a93400/attachment-0001.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.uni-koeln.de/pipermail/python-users/attachments/20160114/95a93400/attachment-0001.html</a>><br>
><br>
> ------------------------------<br>
><br>
> Message: 4<br>
> Date: Thu, 14 Jan 2016 19:11:17 +0100<br>
> From: Dirk Hünniger <<a href="mailto:dirk.hunniger@googlemail.com" target="_blank">dirk.hunniger@googlemail.com</a>><br>
> To: pyCologne <<a href="mailto:python-users@uni-koeln.de" target="_blank">python-users@uni-koeln.de</a>><br>
> Subject: Re: [python-users] Buchempfehlung zum Einstieg ins<br>
> Programmieren ohne Informatikhintergrund<br>
> Message-ID: <<a href="mailto:5697E4C5.9030602@googlemail.com" target="_blank">5697E4C5.9030602@googlemail.com</a>><br>
> Content-Type: text/plain; charset=windows-1252; format=flowed<br>
><br>
> Hallo,<br>
> weiß nicht genau wie die sind:<br>
> <a href="https://en.wikibooks.org/wiki/Non-Programmer's_Tutorial_for_Python_2.6" rel="noreferrer" target="_blank">https://en.wikibooks.org/wiki/Non-Programmer's_Tutorial_for_Python_2.6</a><br>
> <a href="https://en.wikibooks.org/wiki/Non-Programmer's_Tutorial_for_Python_3" rel="noreferrer" target="_blank">https://en.wikibooks.org/wiki/Non-Programmer's_Tutorial_for_Python_3</a><br>
> <a href="https://de.wikibooks.org/wiki/Python_unter_Linux" rel="noreferrer" target="_blank">https://de.wikibooks.org/wiki/Python_unter_Linux</a><br>
> Viele Grüße Dirk<br>
> On 14.01.2016 18:23, Till Maas wrote:<br>
> > Hallo,<br>
> ><br>
> > meine Freundin möchte gerne den Einstieg in die Pythonprogrammierung<br>
> > wagen, um kleine Probleme bei der Datenverarbeitung in der Biologie zu<br>
> > lösen. Könnt Ihr ein Buch empfehlen? Sie hat sich selber überlegt,<br>
> > vielleicht mit einem Kinderbuch zu starten und sich schon "Python für<br>
> > Kids (mitp für Kids)" rausgesucht. Da das aber von 2009 ist und eher auf<br>
> > turtle abzielt, bin ich da nicht so sehr von überzeugt.<br>
> ><br>
> > Viele Grüße aus Aachen<br>
> > Till<br>
<br>
> ------------------------------<br>
><br>
> Message: 5<br>
> Date: Thu, 14 Jan 2016 19:55:16 +0100<br>
> From: Jochen Tackenberg <<a href="mailto:jochen.tackenberg@koeln.de" target="_blank">jochen.tackenberg@koeln.de</a>><br>
> To: pyCologne <<a href="mailto:python-users@uni-koeln.de" target="_blank">python-users@uni-koeln.de</a>><br>
> Subject: Re: [python-users] Buchempfehlung zum Einstieg ins<br>
> Programmieren ohne Informatikhintergrund<br>
> Message-ID:<br>
> <CANVr0YH+wF3q=<a href="mailto:fAt32s4zGKGHqjFSvjbQDKHSxCDWH_0wfJZ3g@mail.gmail.com" target="_blank">fAt32s4zGKGHqjFSvjbQDKHSxCDWH_0wfJZ3g@mail.gmail.com</a>><br>
> Content-Type: text/plain; charset="utf-8"<br>
><br>
> Hallo,<br>
><br>
> hier mal meine leise Meinung aus dem off.<br>
><br>
> Als online Kurs wurde mir davon berichtet, dass dieser Kurs für Kinder auch<br>
> für Erwachsene ganz gut zu gebrauchen sei.<br>
> <a href="https://open.hpi.de/courses/pythonjunior2014" rel="noreferrer" target="_blank">https://open.hpi.de/courses/pythonjunior2014</a><br>
><br>
> Ich persönlich bin aber der Meinung, dass man sowas am besten praktisch<br>
> lernt. Deine Freundin hat sicherlich doch in irgend einem Excel file mal<br>
> was gerechnet oder eine kleine, einfache Datenauswertung gemacht (sowas wie<br>
> "Wenn Spalte A1>B1, dann C1=1, sonst C1=0).<br>
> Mit zwei Zeilen code zum Start, google und etwas Hilfe sollte man das<br>
> Problem selber in Python lösen können.<br>
><br>
> Dann kann man sich ein scipy oder numpy Buch kaufen (oder weiter googlen).<br>
><br>
><br>
> Grüße<br>
><br>
> Jochen<br>
><br>
><br>
><br>
><br>
> Am 14. Januar 2016 um 18:23 schrieb Till Maas <<a href="mailto:opensource@till.name" target="_blank">opensource@till.name</a>>:<br>
><br>
> > Hallo,<br>
> ><br>
> > meine Freundin möchte gerne den Einstieg in die Pythonprogrammierung<br>
> > wagen, um kleine Probleme bei der Datenverarbeitung in der Biologie zu<br>
> > lösen. Könnt Ihr ein Buch empfehlen? Sie hat sich selber überlegt,<br>
> > vielleicht mit einem Kinderbuch zu starten und sich schon "Python für<br>
> > Kids (mitp für Kids)" rausgesucht. Da das aber von 2009 ist und eher auf<br>
> > turtle abzielt, bin ich da nicht so sehr von überzeugt.<br>
> ><br>
> > Viele Grüße aus Aachen<br>
> > Till<br>
> > ________________________________________<br>
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________________________________________<br>
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</blockquote></div>